הקישון סבל מזיהום קשה לאורך השנים. הפרויקט הלאומי שהובילה רשות ניקוז ונחלים קישון לשיקום ולהעמקת קרקעית הנחל יוצר פארק גבעות ירוק מוקף בנפתול בעל חתך נופי ואקולוגי
נחל הקישון הוא הערוץ המרכזי המנקז את כל עמק יזרעאל, מפרץ חיפה והקריות. הנחל מתחיל באזור ג'נין ברשות הפלשתינית וזורם דרך הגלבוע, עמק יזרעאל ועמק זבולון עד למפרץ חיפה, שם הוא נשפך אל הים התיכון. אורך הנחל עולה על 70 ק"מ (הוא השני בגודלו מבין נחלי החוף בישראל), ושטח אגן הניקוז שלו עומד על כ-1,100 דונם, הכוללים, נוסף לנחל הקישון עצמו, את יובליו, כשהעיקריים ביניהם הם נחל ציפורי, נחל גדורה ונחל הקיני. אזור התורפה של אגן הקישון נמצא בקילומטרים האחרונים שלו, המוליכים אל הים התיכון. באזור השפך הזה קיימות בעיות ניקוז קשות האופייניות לאזורים בהם נחלים נשפכים לים. מי הים "מפריעים" למי הנחל לזרום, במיוחד בזמן גאות. אזורי השפך מתאפיינים בשיקוע של סחף מהנחל, המוסיף לקושי של המים לזרום בחופשיות אל הים. לצורך זה, נהוג לפנות את המשקעים בשפך של נחלים בצורה סדירה ולאפשר זרימה חופשית של המים אליהם.